教育部3日發文各地方教育局教育部表示，雖然mRNA疫苗（BNT疫苗即屬此類）接種後發生的心肌炎及心包膜炎，可能與疫苗接種有關，但考量新冠病毒變異株持續持續於國際間流行，並降低境外移入個案造成國內社區流行之風險，故建議已接種第一劑BNT疫苗且無發生嚴重不良反應的12至17歲青少年，接種第二劑BNT疫苗。處及學校，開始徵詢學生施打BNT疫苗第二劑的意願，並進行造冊，20日起，安排合約醫療院所至校園進行集中接種作業。不過，由於青少年打BNT第二劑產生心肌炎或心包膜炎的比例高，教育部請家長充分評估後再決定是否讓子女接種。
教育部指出，基於青少年接種mRNA疫苗可能出現心肌炎或心包膜炎，且接種第二劑發生比例高於第一劑，因此修訂「BioNTech（BNT162b2）COVID-19疫苗學生接種須知及評估暨意願書」，請各地方教育局處與學校確實將接種須知分發提供家長參考，讓他們充分評估後決定是否讓子女接種。
教育部說，家長詳閱新版的意願書後，可選擇於校園集中接種或至合約醫療院所接種。學校回收並彙整統計意願人數，提供轄區衛生局／所學生接種意願名冊，雙方可協調從12月20日起，安排合約醫療院所至校園進行集中接種作業，尚未接種第一劑者，也可於集中接種作業時進行接種。
教育部請學校與轄區衛生局規畫合約醫療院所至校園進行集中接種作業時，建議學生兩劑BNT疫苗時間為隔12周以上，如遇重要行事曆（如期末考、修業式或學測），則盡量避開；對於未在校園集中接種的青少年，則可由家長至公費疫苗預約平台登記，後續依指揮中心公告時程，到醫療院所接種。
教育部說，學生無論透過在校集中接種或醫療院所接種，接種後都得向學校申請疫苗假，以3天為原則（含接種當日），必要時得延長，且不列入出缺席紀錄。